{"id":6428,"date":"2022-03-28T11:42:01","date_gmt":"2022-03-28T14:42:01","guid":{"rendered":"http:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/?p=6428"},"modified":"2022-03-28T11:42:03","modified_gmt":"2022-03-28T14:42:03","slug":"rede-da-fiocruz-propoe-fluxo-que-aperfeicoa-vigilancia-genomica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/rede-da-fiocruz-propoe-fluxo-que-aperfeicoa-vigilancia-genomica\/","title":{"rendered":"Rede da Fiocruz prop\u00f5e fluxo que aperfei\u00e7oa vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica"},"content":{"rendered":"

Uma nova atualiza\u00e7\u00e3o dos resultados obtidos pela vigil\u00e2ncia sobre as linhagens e variantes do v\u00edrus Sars-CoV-2 no Brasil foi divulgada, nesta sexta-feira (25\/3), pela Rede Gen\u00f4mica Fiocruz. Os dados s\u00e3o relativos ao per\u00edodo que vai de 4 a 17 de mar\u00e7o deste ano. Um dos destaques da atualiza\u00e7\u00e3o \u00e9 a an\u00e1lise de um caso de codetec\u00e7\u00e3o de linhagens de Sars-CoV-2 (linhagem majorit\u00e1ria Delta AY.43 e linhagem minorit\u00e1ria Omicron BA.1) em uma amostra coletada no Amap\u00e1. De acordo com os dados gen\u00f4micos da regi\u00e3o, ambas as linhagens circulavam no per\u00edodo. Em fun\u00e7\u00e3o disso, e visando aperfei\u00e7oar a capacidade da vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica do Sars-CoV-2 no Brasil de identi\ufb01car codetec\u00e7\u00f5es, excluindo a possibilidade de contamina\u00e7\u00e3o e ainda identi\ufb01car formas recombinantes do v\u00edrus, a Rede Gen\u00f4mica Fiocruz est\u00e1 propondo um \ufb02uxo de an\u00e1lise que diferencie codetec\u00e7\u00e3o e recombina\u00e7\u00e3o. A Rede Gen\u00f4mica Fiocruz tamb\u00e9m vem atuando na vigil\u00e2ncia de outros v\u00edrus respirat\u00f3rios, em especial o In\ufb02uenza A (H3N2), que causou epidemia entre o \ufb01m de 2021 e o in\u00edcio de 2022.
\nA atualiza\u00e7\u00e3o informa que casos de linhagens recombinantes entre as variantes \u00d4micron e Delta foram identi\ufb01cados em diferentes partes do mundo. Apesar de ser um evento considerado raro, merece monitoramento intenso, devido aos poss\u00edveis impactos para a sa\u00fade coletiva. O texto destaca que a detec\u00e7\u00e3o de variantes recombinantes \u00e9 complexa e que n\u00e3o \u00e9 simples diferenciar casos de codetec\u00e7\u00e3o (quando duas linhagens diferentes est\u00e3o presentes ao mesmo tempo na amostra, seja por coinfec\u00e7\u00e3o, contamina\u00e7\u00e3o do experimento com material gen\u00e9tico do ambiente ou de outra amostra) de casos reais de recombina\u00e7\u00e3o (onde houve a mistura dos genomas de linhagens diferentes, formando uma nova variante).
\nDe acordo com os pesquisadores da Rede Gen\u00f4mica Fiocruz, para melhorar a capacidade da vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica do Sars-CoV-2 no Brasil de identi\ufb01car codetec\u00e7\u00f5es, excluindo possibilidade de contamina\u00e7\u00e3o, e ainda identi\ufb01car formas recombinantes do v\u00edrus, \u00e9 fundamental que todas as rodadas de sequenciamento gen\u00f4mico sejam acompanhadas de uma amostra controle negativo. Este controle deve, preferencialmente, passar por todas as etapas da amostra, desde a extra\u00e7\u00e3o de RNA. Quando isto n\u00e3o for poss\u00edvel, o controle deve ao menos estar presente na etapa de gera\u00e7\u00e3o do DNA complementar (cDNA). Isto porque, caso ao final deste processo, haja DNA complementar na controle negativo, isto sugere uma contamina\u00e7\u00e3o no processo de amplifica\u00e7\u00e3o.
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\nCom base nos resultados de sequenciamento comparados com o controle negativo, a plataforma ViralFlow, desenvolvida na Fiocruz Pernambuco, \u00e9 capaz de distinguir entre poss\u00edveis codetec\u00e7\u00f5es e eventos de contamina\u00e7\u00e3o de amostras. O ViralFlow automatiza ainda v\u00e1rios processos importantes para a vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica de forma centralizada e \u00e1gil. O passo seguinte \u00e9 o envio para o Laborat\u00f3rio de V\u00edrus Respirat\u00f3rios e Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC\/Fiocruz), que \u00e9 refer\u00eancia nacional, para que sejam feitas an\u00e1lises complementares. Adicionalmente, a avalia\u00e7\u00e3o minuciosa das sequ\u00eancias, consensos e leituras de sequenciamento, pode fornecer \u00e0s equipes de pesquisa evid\u00eancias de recombina\u00e7\u00e3o.
\nDe qualquer forma, segundo a Rede Gen\u00f4mica Fiocruz, nos dois casos \u00e9 de extrema relev\u00e2ncia que seja feita uma comunica\u00e7\u00e3o com o Laborat\u00f3rio de Refer\u00eancia Nacional da Fiocruz, a Coordena\u00e7\u00e3o-Geral de Laborat\u00f3rio de Sa\u00fade P\u00fablica (CGLab\/MS), as vigil\u00e2ncias e os Lacens estaduais, para entender o impacto epidemiol\u00f3gico. Assim ser\u00e1 poss\u00edvel tra\u00e7ar estrat\u00e9gias para coletar uma maior amostragem local e de contatos do caso onde a suposta recombinante foi identi\ufb01cada para avalia\u00e7\u00e3o de transmiss\u00e3o comunit\u00e1ria; conhecer o cen\u00e1rio epidemiol\u00f3gico no momento da identi\ufb01ca\u00e7\u00e3o do caso na regi\u00e3o; e entender o desfecho cl\u00ednico do caso. A Rede ressalta ainda que eventos de recombina\u00e7\u00e3o podem ser apenas casos pontuais, detectados nas leituras de sequenciamento, mas que n\u00e3o trazem uma vantagem para a linhagem viral recombinante e n\u00e3o est\u00e3o em circula\u00e7\u00e3o na comunidade.
\nNo per\u00edodo desta nova atualiza\u00e7\u00e3o da Rede Gen\u00f4mica Fiocruz (4 a 17 de mar\u00e7o), o Laborat\u00f3rio de V\u00edrus Respirat\u00f3rios e Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC\/Fiocruz), no Rio de Janeiro, e os laborat\u00f3rios integrantes da Rede Gen\u00f4mica Fiocruz em outros sete estados (Amazonas, Bahia, Cear\u00e1, Minas Gerais, Piau\u00ed, Paran\u00e1 e Pernambuco) produziram 1.740 genomas. Esses oito centros de monitoramento atendem aos 26 estados e ao Distrito Federal.
\nAs informa\u00e7\u00f5es foram coletadas pelos pesquisadores da Rede a partir da parceria e colabora\u00e7\u00e3o com os Laborat\u00f3rios Estaduais de Sa\u00fade P\u00fablica (Lacens), da Coordena\u00e7\u00e3o-Geral de Laborat\u00f3rios do Minist\u00e9rio da Sa\u00fade, de Laborat\u00f3rios de Assist\u00eancia Diagn\u00f3stica da Fiocruz e outras institui\u00e7\u00f5es brasileiras. O acesso \u00e0 base de dados EpiCoV do Gisaid, uma iniciativa internacional de vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica de novo coronav\u00edrus e influenza, tamb\u00e9m auxilia o trabalho de monitoramento da Rede.
\nA amostragem utilizada pela Rede Gen\u00f4mica Fiocruz em apoio \u00e0 rede nacional de vigil\u00e2ncia de v\u00edrus respirat\u00f3rios est\u00e1 baseada em dois pilares fundamentais. Um \u00e9 a amostragem representativa dos casos positivos para Sars-CoV-2 por teste RT-PCR em tempo real realizados em cada unidade da Federa\u00e7\u00e3o. Outro s\u00e3o as amostras de eventos inusitados identificados pelas vigil\u00e2ncias locais. H\u00e1 atualmente mais de mil linhagens definidas do v\u00edrus Sars-CoV-2, mas apenas cinco foram identificadas como variantes de preocupa\u00e7\u00e3o, com impacto significativo na sa\u00fade p\u00fablica, devido a caracter\u00edsticas como maior capacidade de transmiss\u00e3o e infec\u00e7\u00e3o, maior capacidade de escape de anticorpos ou uma combina\u00e7\u00e3o destas.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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