A Rede Gen\u00f4mica Fiocruz divulgou novos dados sobre a situa\u00e7\u00e3o das linhagens e variantes do v\u00edrus SARS-CoV-2 no Brasil, tendo em vista os resultados da vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica produzidos pela Rede e por outras iniciativas. De acordo com a publica\u00e7\u00e3o, se em dezembro a variante \u00d4micron representou 39,4% dos genomas sequenciados, em janeiro de 2022 esse \u00edndice chegou a 95,9%, sendo encontrada em todas as regi\u00f5es do pa\u00eds. O Relat\u00f3rio da Rede mostra que a \u00d4micron domina completamente o cen\u00e1rio epidemiol\u00f3gico da Covid-19 no Brasil. A publica\u00e7\u00e3o tamb\u00e9m destaca inova\u00e7\u00f5es tecnol\u00f3gicas desenvolvidas pela Rede Gen\u00f4mica Fiocruz.
\nNas duas semanas (de 14 a 27 de janeiro) a que se referem os dados divulgados pela Rede, o Laborat\u00f3rio de V\u00edrus Respirat\u00f3rios e Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC\/Fiocruz) e unidades da Funda\u00e7\u00e3o em seis estados (Amazonas, Cear\u00e1, Pernambuco, Paran\u00e1, Bahia e Minas Gerais) produziram 3.739 genomas. Cada uma das unidades de sequenciamento da Fiocruz (al\u00e9m das j\u00e1 citadas, h\u00e1 tamb\u00e9m uma no Piau\u00ed) atende uma ou mais Unidade da Federa\u00e7\u00e3o (UF).
\nOs pesquisadores da Rede Gen\u00f4mica Fiocruz lembram que todo esse monitoramento de vigil\u00e2ncia \u00e9 poss\u00edvel devido a parceria e colabora\u00e7\u00e3o dos Laboratorios Estaduais de Sa\u00fade P\u00fablica (LACENs) e da Coordena\u00e7\u00e3o-Geral de Laboratorios do Minist\u00e9rio da Sa\u00fade. Tamb\u00e9m a plataforma GISAID de dep\u00f3sitos de genomas da OMS contribui muito para que este dep\u00f3sito ocorra em tempo real.
\nA amostragem utilizada pela Rede Gen\u00f4mica Fiocruz em apoio \u00e0 rede nacional de vigil\u00e2ncia de v\u00edrus respirat\u00f3rios est\u00e1 baseada em dois pilares fundamentais. Um \u00e9 a amostragem representativa dos casos positivos para SARS-CoV-2 por teste RT-PCR em tempo real realizados em cada UF. Outro s\u00e3o as amostras de eventos inusitados identificados pelas vigil\u00e2ncias locais. H\u00e1 atualmente mais de mil linhagens definidas do v\u00edrus SARS-CoV-2, mas apenas 5 foram identificadas como variantes de preocupa\u00e7\u00e3o, com impacto significativo na sa\u00fade p\u00fablica, devido a caracter\u00edsticas como maior capacidade de transmiss\u00e3o e infec\u00e7\u00e3o, maior capacidade de escape de anticorpos ou uma combina\u00e7\u00e3o destas.
\nOs primeiros genomas da \u00d4micron no Brasil s\u00e3o de amostras do fim de novembro e ao t\u00e9rmino de dezembro a variante j\u00e1 era a mais frequente nas regi\u00f5es Sudeste, Nordeste e Sul. No momento, a \u00d4micron \u00e9 classificada em quatro linhagens (BA.1, BA.1.1, BA.2 e BA.3). No Brasil, at\u00e9 o fechamento da nova edi\u00e7\u00e3o do Relat\u00f3rio da Rede Gen\u00f4mica Fiocruz, foram identificadas as linhagens BA.1 (2.382 genomas), BA.1.1 (226 genomas) e BA.2 (1 genoma).
\nViralFlow
\nO Relat\u00f3rio informa que a Rede Gen\u00f4mica Fiocruz desenvolveu a plataforma ViralFlow, com o objetivo de mudar o cen\u00e1rio em que grupos de pesquisa trabalham de forma descentralizada, com diferentes ferramentas para obter e analisar as sequ\u00eancias. O trabalho baseado em ferramentas dispersas consome tempo e exige que pesquisadores invistam no treinamento para utiliza\u00e7\u00e3o de v\u00e1rios servi\u00e7os.
\nAl\u00e9m disso, em casos em que um mesmo paciente est\u00e1 infectado com duas ou mais variantes, a separa\u00e7\u00e3o e a montagem dos genomas n\u00e3o \u00e9 poss\u00edvel por meio dessas ferramentas. Desenvolvido na Fiocruz Pernambuco, o ViralFlow automatiza v\u00e1rios processos importantes para a vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica e oferece uma plataforma para que pesquisadores possam estudar m\u00faltiplos aspectos de amostras do SARS-CoV-2 de forma centralizada e \u00e1gil.
\nHelper
\nOutra inova\u00e7\u00e3o, visando aperfei\u00e7oar o trabalho da Rede Gen\u00f4mica Fiocruz, \u00e9 o sistema Helper, empregado de forma bem-sucedida em ensaios diagn\u00f3sticos e testes de infer\u00eancia para detec\u00e7\u00e3o de variantes. A ferramenta proporciona maior efici\u00eancia nas confer\u00eancias m\u00faltiplas de resultados e no tempo de cadastro e libera\u00e7\u00e3o de resultados (aproximadamente quatro horas de um analista por cada bateria de resultados gerados).
\nO processo de implementa\u00e7\u00e3o \u00e9 conduzido pela Fiocruz Cear\u00e1. O uso da ferramenta permitir\u00e1 a descentraliza\u00e7\u00e3o em diversos laborat\u00f3rios, incluindo os Lacen, e a realiza\u00e7\u00e3o de exerc\u00edcios de vigil\u00e2ncia laboratorial, particularmente ensaios de infer\u00eancia para variantes do Sars-CoV-2.
\nTestes de infer\u00eancia
\nNo site da Rede Gen\u00f4mica Fiocruz foram inclu\u00eddos os dados de RT-PCR de infer\u00eancia para variantes realizados pelos Lacen. J\u00e1 foram realizados 3.984 testes em 16 estados (Acre, Amazonas, Amap\u00e1, Roraima, Bahia, Cear\u00e1, Par\u00e1, Rio de Janeiro, Para\u00edba, Santa Catarina, Rio Grande do Norte, Rond\u00f4nia, Rio Grande do Sul, Sergipe, S\u00e3o Paulo e Tocantins), de novembro de 2021 a janeiro 2022. Um dos ensaios para a realiza\u00e7\u00e3o desses testes, para detec\u00e7\u00e3o de Sars-CoV-2 e triagem de variantes, foi desenvolvido pelo Laborat\u00f3rio de Tecnologia Diagn\u00f3stica do Instituto de Tecnologia em Imunobiol\u00f3gicos (Bio-Manguinhos\/Fiocruz) em parceria com o Laborat\u00f3rio de V\u00edrus Respirat\u00f3rios e Sarampo do IOC\/Fiocruz.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
A Rede Gen\u00f4mica Fiocruz divulgou novos dados sobre a situa\u00e7\u00e3o das linhagens e variantes do v\u00edrus SARS-CoV-2 no Brasil, tendo em vista os resultados da vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica produzidos pela Rede e por outras iniciativas. De acordo com a publica\u00e7\u00e3o, se em dezembro a variante \u00d4micron representou 39,4% dos genomas sequenciados, em janeiro de 2022 esse […]<\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":5977,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[4],"tags":[],"class_list":["post-5976","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-noticias"],"post_mailing_queue_ids":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5976","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=5976"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5976\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":5978,"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5976\/revisions\/5978"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/media\/5977"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=5976"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=5976"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.sodf.org.br\/wordpress\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=5976"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}